Der Innenraum in Form eines lateinischen Kreuzes mit drei Kirchenschiffen wurde in der ersten Hälfte des 17. Jh.s von Girolamo Quadrio komplett umgebaut, der die antiken Backsteinpfeiler in stattliche Steinpfeiler einfügte. Von der ursprünglichen Baustruktur aus dem 15. Jh. sind nur die Kapelle des „Santissimo Sacramento“, die Kapelle von Santa Maria (mit Freskomalereien aus der Schule Foppas) und die polygonale Apsis geblieben. 

Die Kirche bewahrt wichtige Kunstwerke auf: auf dem ersten Altar rechts das Werk „Assunta“ (Die Heilige Jungfrau) von Francesco Paglia, auf dem dritten Altar „Strage degli Innocenti“ (Bethlehemitischer Kindermord) von Moretto (1531) und in der Kapelle hinter dem vierten Altar die von Moretto neu bemalte Tafel „Madonna col Bambino“ (Die Muttergottes mit Kind), die von einer wertvollen Marmorverkleidung von Alessandro Callegari eingerahmt wird. Im Presbyterium kann man das „Hölzerne Kreuz“ aus Brescianer Schule und hinter ihm zahlreiche Werke von Moretto bewundern. Auf der rechten Seite befindet sich die Sakristei mit vielen Gemälden. 

Im linken Querschiff findet man neben der Kapelle von Santa Maria die Kapelle des „Santissimo Sacramento“. In ihrem Inneren kann man einen bemerkenswerten Gemäldekomplex bewundern, der sich aus Werken von Romanino und Moretto zusammensetzt. Im Jahre 1521 hatten die Kirchenherren den beiden Künstlern je eine Wand in Auftrag gegeben. Moretto nahm sich die rechte Wand vor und schuf die Werke „La raccolta della manna“ (Die Ernte des Mannas), „Elia destato da un angelo“ (Elias wird von einem Engel auferweckt), „San Luca e San Marco“ (Der Heilige Lukas und der Heilige Markus), „Ultima cena“ (Das letzte Mahl) und die sechs „Profeti“ (Propheten). Romanino malte stattdessen auf der linken Wand „Resurrezione di Lazaro“ (Auferweckung des Lazarus), „San Matteo e San Giovanni Evangelista“ (Der Heilige Matthäus und der Apostel Johannes), „Cena in casa del fariseo“ (Abendmahl im Haus des Pharisäers) und „Profeti“. Beide Gemäldezyklen hinterlassen einen starken plastischen Eindruck und zeichnen sich durch eine besondere Helligkeit aus sowie durch eine antirethorische Ikonographie der Figuren in Landschaften aus gesetzten Farben. In der Kirche befinden sich zudem noch zwei Werke von Romanino: das Jugendwerk „Madonna con Bambino e Santi“ (Die Muttergottes mit Kind und Heiligen) über dem vierten Altar links und „Sposalizio della Vergine“ (Die Hochzeit der Jungfrau) an der linken Wand der Taufkapelle. 

Rechts neben der Kirche befindet sich außerdem ein schöner Kreuzgang mit doppeltem Laubengang (ca. 1447). 

Die Altäre längs des Schiffes sind mit beachtlichen Werken ausgeschmückt: von Moretto ("Die Heilige Ursula und die Jungfrauen", "Die mystische Hochzeit der Heiligen Caterina" "Geschenk des Melchisedech an Abraham", "Heilige Konversation mit der Heiligen Caterina, Domenico, Clemente, Floriano, Maria Magdalena, den Heiligen Martyrern") und von Romanino (Auferstehung Christi zwischen dem Heiligen Clemente und der Heiligen Teresa).

Die Fassade, die von drei Backsteinfialen in Laternenform gekrönt wird, besticht durch drei Portale aus dem 16. Jh., wobei das Hauptportal von majestätischen Säulen eingerahmt wird. Im Inneren der Kirche, das in drei große Kirchenschiffe eingeteilt ist, befindet sich das erhöhte Presbyterium (die Straßenüberführung auf der Nordseite wurde 1978 eigens für seinen Bau errichtet). Der sehenswerte Chor wurde von Clemente Zamara intarsiert (1500). 

In der Kantorei auf der linken Seite befindet sich die wertvolle Orgel von Graziadio und Costanzo Antegnati (1581). Die Kirche zählt gute zehn Kapellen auf jeder Seite mit Malereien aus dem 18. Jh. In den Lünetten über den Kapellen, mit denen die Kirchenschiffe abschließen, und in zwei Feldern auf den Seitenwänden des Presbyteriums wurden kürzlich Frekomalereien aus der Schule Romaninos entdeckt. 

Auf der Westseite der Kirche befinden sich zwei Kreuzgänge, zu denen man über die Piazzetta S. Giuseppe gelangt. In beiden kann man interessante Freskomalereien aus dem 17. und 18. Jh. bewundern, auf denen Personen aus dem Franziskanerorden abgebildet sind. Ein dritter großer Kreuzgang weiter nördlich wurde erst vor kurzem restauriert. 

In dem Kloster („Convento“) von S. Giuseppe sind seit 1978 das Diözesanmuseum der Heiligen Kunst („Museo diocesano di Arte Sacra“) und das Museum der Liturgischen Stoffe untergebracht. Die ausgestellten Werke kreisen zum größten Teil um heilige Themen und stammen aus Kirchen, verschiedenen Einrichtungen und von Privatleuten. Bemerkenswert sind vor allem die Gemälde von Romanino, Gian Battista Pittoni, Giuseppe Tortelli, Antonio Cifrondi sowie zahlreiche Skulpturen und Gegenstände der angewandten Künste. 

Die Kirche wurde Ende des 12. Jahrhunderts auf den Resten einer Kapelle erbaut und ist im Inneren, das im 17. und 18. Jahrhundert neu gestaltet wurde, rund. Das Altarbild des Hauptaltars, die Jungfrau mit dem Kind zwischen den Heiligen Faustino und Giovita, ist ein Werk von Domenico Romani (1743). Die Kirche ist reich an Votivgaben und enthält in der linken Kapelle ein Bild der Madonna, das in der Volksverehrung Brescias einen besonderen Platz hat. 

Die originale Außengestaltung, die von einem angrenzenden Platz aus zu sehen ist, besteht aus einem zylinderförmigen Körper aus Stein, auf dem ein abgeschnittener Kegel ruht, der mit vorstehenden Ziegeln aus gebranntem Lehm gedeckt ist. Darauf liegt der zylinderförmige Glockenturm mit vier kleinen zweiteiligen Bogenfenstern, abgeschlossen mit einem Pinakel, das ebenfalls mit gebrannten Lehmziegeln gedeckt ist.