Per comprendere l'essenza della montagna o di qualsiasi altro ambiente occorre analizzare le componenti del paesaggio nella loro globalità. Le variabili che contribuiscono alla costituzione degli ambienti sono innumerevoli, e soprattutto dipendenti tra loro. Tra queste, quelle più studiate nella tradizione naturalistica si identificano nelle le rocce che li compongono, e nelle comunità vegetali e animali che li popolano.
Su questa base sono state ideate e progettate le nuove sale del Museo, in uno scenario di grande effetto.
Non poteva quindi mancare un transetto della vegetazione, sviluppato lungo i tratti salienti del paesaggio vegetale bresciano.
A tal proposito sono state scelte le pendici settentrionali del massiccio dell'Adamello, il tratto orientale della media e Alta Val Camonica e infine la Valvestino sino al lago di Garda.
Lungo questi tre segmenti della provincia, realizzati in scala 1:25000 e ingranditi di circa 10 volte, è stato riportato il paesaggio vegetale che li caratterizza (nella sua componente arborea), desunto da fotografie aeree, dalle carte Geoambientali, depositate presso gli uffici della provincia di Brescia, dalle banche dati del Museo (Gruppo Bresciano Ricerca Floristica) e da rilevamenti diretti in campo.
Il risultato si è concretizzato in una visione sintetica della vegetazione reale, che si estende per una lunghezza di circa trenta metri lungo le pareti del Museo.
In questo percorso, che parte dal massiccio dell'Adamello fino ad arrivare al lago di Garda, si incontrano praterie alpine, lariceti, boschi di abete rosso, di faggio e infine di leccio. Un alternarsi di vegetazioni che si susseguono e si dispongono in fasce in funzione della quota, e che fanno della provincia di Brescia una delle più varie sotto il profilo floristico e vegetazionale.
La serie altitudinale bresciana ha molti punti in comune con la serie latitudinale dell'emisfero boreale: in condizioni ecologiche simili, infatti, compaiono vegetazioni molto simili tra loro.
In termini estremamente semplificati, il transetto ripropone in sequenza i paesaggi della tundra artica, quelli della taiga eurosiberiana, i boschi di latifoglie medioeuropei e quelli a sclerofille mediterranei, in un ipotetico viaggio attraverso l'emisfero Boreale lungo i meridiani europei, dalle regioni artiche sino a quelle mediterranee.
I granuli di polline delle piante che si incontrano lungo il percorso, collegano il mondo biologico all'argomento principale delle nuove sale del Museo: la geologia. Lo studio dei pollini conservati in ambienti particolari ci permette, infatti, di ricostruire la vegetazione del passato e costituisce un'interfaccia tra le Scienze biologiche e quelle geologiche.