La estructura arquitectónica de la iglesia data de los siglos XIV y XV.
El interior; precedido por un bello portal renacentista coronado por estatuas barrocas, presenta una vista imponente al sobreponerse elementos de épocas diversas, tales que el presbiterio del siglo XV, la bóveda y el balcón del siglo XVI, la capilla del SS. Sacramento del siglo XVIII. Toda la nave aparece más espaciosa y profunda por los frescos de formas arquitectónicas (1683).
El retablo del altar mayor que representa Santa Agata en cruz entre los Santos Pedro, Pablo, Lucía, Apoloni (1522) está considerado como la obra maestra de Francesco Prata da Caravaggio.